Diretoria-Geral (DG) - é responsável pala gestão financeira e orçamentária, gestão de pessoas, gestão de compras e gestão administrativa da Fundação. Compete gerir a Fundação de acordo com o disposto no Estatuto e com as deliberações do Conselho Curador e da Diretoria Executiva.

Diretoria Adjunta (DA) - é parte integrante da estrutura administrativa da Diretoria-Geral, responsável por assessorar direta e imediatamente o Diretor Geral e por supervisionar e coordenar as atividades desenvolvidas pelas diretorias e demais unidades integrantes da estrutura organizacional da FESF-SUS.

Diretoria de Gestão Interna (DGI) - coordena as atividades administrativas, econômicas, financeiras e de gestão de pessoal da Fundação.

Diretoria de Gestão de Serviços (DGS) – é responsável por coordenar os processos de planejamento, implantação, acompanhamento, avaliação e revisão dos serviços não especializados prestados pela Fundação junto aos contratantes e parceiros.

Diretoria de Gestão Hospitalar (DGH) – é responsável pela gestão dos serviços da Rede de Assistência Especializada e Hospitalar do Estado da Bahia, fazendo a gestão compartilhada de Serviços de Saúde, além do gerenciamento e operacionalização de serviços de saúde multiprofissionais.

Diretoria de Ciência Tecnologia e Informação (DCTI) – é responsável pelo desenvolvimento de projetos tecnológicos e de inovação, buscando estimular a produção de novos conhecimentos direcionados às necessidades do SUS.

Diretoria Executiva

Lizandra Cunha Amim

Diretoria Geral

Luis Otávio da Silva Borges

Diretor Adjunto

Carla Ornellas Scott

Diretoria de Gestão Interna

Alisson Santos de Sousa

Diretoria de Gestão de Serviços

Milena Soares Pamponet

Diretoria de Gestão Hospitalar

Alexandre Santos da Silva

Diretoria de Ciência, Tecnologia e Inovação

José Augusto Rios Bastos

Secretário Executivo