Diretoria-Geral (DG) - é responsável pala gestão financeira e orçamentária, gestão de pessoas, gestão de compras e gestão administrativa da Fundação. Compete gerir a Fundação de acordo com o disposto no Estatuto e com as deliberações do Conselho Curador e da Diretoria Executiva.

Diretoria Adjunta (DA) - é parte integrante da estrutura administrativa da Diretoria-Geral, responsável por assessorar direta e imediatamente o Diretor Geral e por supervisionar e coordenar as atividades desenvolvidas pelas diretorias e demais unidades integrantes da estrutura organizacional da FESF-SUS.

Diretoria de Gestão Interna (DGI) - coordena as atividades administrativas, econômicas, financeiras e de gestão de pessoal da Fundação.

Diretoria de Gestão de Serviços (DGS) – é responsável por coordenar os processos de planejamento, implantação, acompanhamento, avaliação e revisão dos serviços não especializados prestados pela Fundação junto aos contratantes e parceiros.

Diretoria de Gestão Hospitalar (DGH) – é responsável pela gestão dos serviços da Rede de Assistência Especializada e Hospitalar do Estado da Bahia, fazendo a gestão compartilhada de Serviços de Saúde, além do gerenciamento e operacionalização de serviços de saúde multiprofissionais.

Diretoria de Ciência Tecnologia e Informação (DCTI) – é responsável pelo desenvolvimento de projetos tecnológicos e de inovação, buscando estimular a produção de novos conhecimentos direcionados às necessidades do SUS.