O Apoio Institucional busca investir na ampliação e qualificação da capacidade de gestão da saúde dos municípios baianos, no que diz respeito às atribuições e funções essenciais da Atenção Básica com destaque para as seguintes funções:

Resolubilidade: busca resolver a maioria dos problemas de saúde da população;
Comunicação: estrutura os serviços e organiza os fluxos e contrafluxos dos usuários nos diversos pontos da rede de atenção à saúde;
Responsabilização: compromisso com a a saúde da população vinculada aos territórios locais.

Para um melhor desenvolvimento destas funções, o Apoio Institucional utiliza dispositivos e ferramentas que garantam humanização do trabalho em saúde, educação em saúde e educação permanente, comunicação não violenta, tecnologias da informação em saúde, metodologias ativas, matriciamento (apoio técnico e pedagógico), gestão do cuidado e da clínica e instrumentos de planejamento/gestão.

As equipes atuam nas 09 (nove) macrorregiões do Estado da Bahia, em parceria com os técnicos dos Núcleos e Bases Regionais de Saúde, seguindo algumas diretrizes da Estratégia de Saúde da Família: vinculação, territorialização, integralidade e atuação em equipe multiprofissional.

Os trabalhadores do Apoio Institucional FESF-SUS são profissionais com formação em diversas áreas da saúde com especialização e/ou mestrado em Saúde Coletiva e atuam como sanitaristas, ficando lotados na Diretoria de Atenção Básica da Secretaria de Saúde do Estado da Bahia (DAB/SESAB).